FETÖ, örgütlü oldukları polis ve yargı teşkilatındaki güçlerini TSK içindeki önlerine çıkan engelleri yok etmekte kullandı. AKP iktidarıyla kurulan ortaklığın sağladığı siyasal destekle, TSK içinde “darbecileri” yargılama kılıfı altında çeşitli örgüt davaları açıldı.Ergenekon ile başlayan hukuksuzluk zinciri 2010 sonrasında Balyoz, Askeri Casusluk, Poyrazköy gibi davalarla devam etti. Bu davalar yüzünden yüzlerce kurmay subay terfi alamadı. Kumpas davaları sırasında üç yıllık YAŞ toplantılarında sırayla 12, 37 ve 12 olmak üzere toplam 61 general ve amiral emekli edildi.
Balyoz davasında, Birinci Ordu Komutanlığı bünyesinde yapılan bir plan seminerinden hareketle karacı subayların faaliyetleri üzerine gidilse de 194 sanık arasına Deniz Kuvvetleri Komutanlığı’ndan 22 amiralin yanı sıra yine önemli bir bölümü amiralliğe terfi sırası gelmiş ya da gelmekte olan 90 kurmay albay yer alıyordu. Balyoz süreci daha sonra iki ek iddianameyle de genişletilirken, daha sonra İstanbul ve İzmir’de açılan casusluk ve diğer benzer davalarla da 50 dolayında deniz kurmay albayı da tasfiye planlarına eklenmiş oldu. Terfilerle önleri kesilen yaklaşık 140 denizci kurmay albayın çoğu TSK’den atıldı ya da ayrılmak zorunda kaldı. Böylece YAŞ kararlarıyla, FETÖ mensubu subaylar terfi ettirildiler.