6 Mayıs 2006 tarihli Milliyet gazetesinde yayınlanan habere göre, Arınç Türkiye’de Diyanet İşleri’nin kaldırılmasını tavsiye ederek; imamların maaşlarının ödenmesi ve camilerin bakımına kadar bütün çalışmaların vakıflar aracılığı ile yapılmasını önermiş.
Aktifhaber’de yer alan habere göre Arınç’ın 2006’da dile getirdiği görüşleri şöyle: “Gerçek laik bir ülkede Diyanet İşleri Başkanlığı olmaz, olmamalıdır.
Türkiye’de aslında Diyanet İşleri Başkanlığı’nın konumu tartışmalı. Türkiye, Diyanet’in mevcudiyetini tartışmalı, gerekirse bu kurumu kaldırmalı. İmamların maaşının verilmesinden camilerin bakımına kadar, geçmişte olduğu gibi vakıflar eliyle sürdürülmeli.”