TBMM Milli Savunma Komisyonundan geçen tasarıyla ilgili komisyon raporu tamamlandı. Rapora CHP  ve MHP milletvekilleri muhalefet şerhi koydu. CHP'li Komisyon üyeleri Mustafa Moroğlu, Orhan Düzgün, Turhan Tayan, Ali Demirçalı ve Tolga Çandar muhalefet şerhinde, ''Amacın, TSK'yı güçlendirmek değil doğrudan Başbakan'a bağlamak olduğu açıkça görülmektedir'' denildi ve şu görüşler savunuldu:

''Tasarı ile, Genelkurmay Başkanı ve komutanların soruşturma izni Başbakan'a verilerek, Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı yetkisi tanınmaktadır. Bu madde suçluları, Roboski'de olduğu gibi gizlemenin ya da Ergenekon ve Balyoz'da olduğu gibi terörist ilan etmenin yasalaştırılmasıdır. İtiraz mercii olarak da Cumhurbaşkanı yetkili kılınmaktadır. Yasal işlemlerin denetim yeri idari yargıdır. Cumhurbaşkanı yargının bir unsuru değildir. Tasarı iktidara üst rütbelerin belirlenmesinde yetki de vermektedir. Sınırsız biçimdeki bu yetki, komutanların görev süresini yaş haddine kadar uzatmaktadır''

Komisyonun MHP'li üyeleri Semih Yalçın ve Mesut Dedeoğlu da komutanlar için soruşturma yetkisinin Başbakan'a verilmesine karşı çıktılar ve muhalefet şerhlerinde

'' Tasarı ile, Genelkurmay Başkanı ve Kuvvet komutanlarının görevleriyle ilgili suçlardan dolayı Yüce Divan'da yargılanmaları öngörülmektedir. Ancak soruşturma açılmasına, Başbakan karar verecektir. Bu yetkilerin, yürütmenin başındaki Başbakan'a verilmesi uygun değildir. Soruşturma açılması konusunda Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı yetkili olmalıdır.'' dediler.