2004 tarihinde tavsiye kararı olarak alınan MGK kararlarındaki bazı maddeler şöyle:
“F. Gülen grubunun yurtiçi ve yurtdışı faaliyetleri, Başbakanlık Uygulamayı Takip ve Fethullah Gülen Koordinasyon Kurulu (BUTKK) koordinesinde İçişleri Bakanlığı, Dışişleri Bakanlığı, MİT Müsteşarlığı ve ilgili diğer kurumlar aracılığı ile yakından takip edilmelidir.Devletin yurt dışında görevli memurları aracılığı ile F.GÜLEN grubu yakından takip edilmeli gerekiyorsa Dışişleri Bakanlığı tarafından ilave tedbirler geliştirilmelidir.F.Gülen grubuna ait özel okulların faaliyetleri, İçişleri Bakanlığı ve Milli Eğitim Bakanlığı tarafından incelenmeli ve takibe alınmalıdır. Bu gruba ait okullardaki şüpheli ve yasa dışı faaliyetler periyodik olarak BUTKK’na rapor edilmelidir.”MGK kararında Gülen cemaatine ait kurumlar için “Ağır yaptırımlar getiren yasal düzenlemeler yapılmalıdır” deniyor.