Genelkurmay Başkanı Necdet Özel, bir hafta önce Balyoz davasıyla ilgili yazılı bir açıklama yaparak "Balyoz davası kararı sonrası tahliye edilen arkadaşlarımın çoğunluğunun Kara Kuvvetleri Komutanlığı mensubu olduğu ifade edilerek TSK içinde ayrımcılık yapma, nifak sokma ve huzur bozmaya yönelik girişimleri kınıyorum" demişti. Özel, açıklamasında neden konuşmuyor şeklindeki eleştirilerle ilgili olarak da genelkurmay başkanı olarak görev ve yetkilerinin yasalarla belirlendiğini, TSK'nın komutanı ve bir kamu görevlisi olduğunu ifade ederken, "kamu görevlisinin, konuşacağı konuyla ilgili, yeri, zamanı ve muhataplarını doğru analiz etmesi gerektiğini" bildirmişti. Bu nedenle mümkün oldukça konuşmamaya ve gündemde olmamaya gayret sarfettiğini, TSK ile ilgili haberlerin de internet ortamında kamuoyuyla paylaşılmasını yeterli gördüğünü ifade eden Özel, "Son Balyoz temyiz kararından sonra da bazı sanık ve yakınları tarafından konuşmamam konusunda yoğun eleştiriler olduğunu gördüm. Kurumsal kimliğim nedeniyle, yargıya intikal etmiş konularla yargı kararları üzerine yorum ve değerlendirme yapma hakkına sahip olmadığımı ve düşüncelerimi basın yolu ile kamuoyu ile paylaşmayı doğru bulmadığımı düşünüyorum. Ancak, bireysel olarak düşüncelerimi ilgililerle serbestçe paylaştığımın da bilinmesinde yarar görmekteyim" değerlendirmesinde bulunmuştu. 'Tutuklanmayan tek komutan' Necdet Özel'in Balyoz davasıyla ilgili sözlerine, Balyoz mahkumiyeti Yargıtayca onaylanan Sincan Cezaevi'ndeki MHP İstanbul Milletvekili Engin Alan'dan sert yanıt gelmişti. Alan, "Balyoz'un bir kelimesi doğruysa 100 yıl yemeye razıyım, dinimden milliyetimden vazgeçmeye hazırım. 237 tane Türk subayını koyun gibi boğazladılar. O dönem Harp Akademileri'nde görev yapan herkes tutuklandı, Deniz Harp Akademisi, Hava Harp Akademisi komutanları, yardımcıları, kurmay başkanları hepsi tutuklandı bir tek Kara Harp Akademisi Komutanı dışarıda kaldı. O komutan Orgeneral Necdet Özel'dir" demişti.